Nació en una granja cerca de Clarksdale (Mississippi) del matrimonio formado por William Hooker y Minnie Ramsey. Su padre era pastor de la iglesia baptista. Tuvo seis hermanos y cuatro hermanas. Siendo niño, su familia se trasladó a otra granja en una plantación cercana, donde conoció a los bluesman Snooky Pryor y Jimmy Rogers. En 1928 sus padres se separaron y John fue el único hermano que quedó al cuidado de su madre.
En 1931 decide emigrar hacia el norte industrial, al igual que hacían muchos otros negros del sur en aquella época. Pasa por distintos estados, y finalmente se instala en Detroitdurante la II Guerra Mundial. Allí consigue un empleo en la industria del automóvil, cuyo sueldo consigue completar cantando bares de suburbios.
La carrera musical de Hooker empezó en 1948 cuando consiguió el éxito con el single "Boogie Chillum", cantado en un estilo medio hablado que se convertiría en característico. Rítmicamente, su música era muy libre, característica que ha sido común entre los primeros músicos acústicos de blues del Delta. Su fraseado no estaba tan atado a los estándares de la mayoría de los cantantes de blues. Este estilo informal e incoherente se fue diluyendo con la aparición de las bandas de blues eléctrico de Chicago pero, incluso cuando no tocaba solo, Hooker mantuvo su propio sonido.
Mantuvo, sin embargo, una carrera en solitario, siendo siempre popular entre los aficionados al blues y los fans de la música Folk de principios de los años 60, saltando de este modo a la audiencia blanca.Hooker grabó más de 100 discos y vivió los últimos años de su vida en San Francisco, donde tenía un club llamado el "Boom Boom Room", por uno de sus éxitos.
Grupos como The Rolling Stones o Led Zeppelin han reconocido la influencia de John Lee Hooker en su música y lo han versionado en numerosas ocasiones.
